Nieuwe softwaretool `RABBIT' stelt vast van welke voorouders interes..
Gepubliceerd op
3 augustus 2015
Het DNA van individuele planten en dieren bestaat uit een willekeurige mix van DNA-bouwstenen die zij van hun voorouders hebben geerfd. Maar wat doe je als je een plant of dier met interessante kenmerken vindt, maar niet precies weet van welke van een aantal potentiele voorouders de genen van
dit organisme afkomstig zijn? Dan biedt de nieuwe door Wageningen UR ontwikkelde softwaretool `Reconstructing Ancestry Blocks Bit By Bit' (RABBIT) uitkomst. Zelfs als het organisme afkomstig is uit een populatie die zich willekeurig en via meerdere ouders voortplant en het niet duidelijk is
hoe de verschillende generaties planten of dieren zich tijdens je fok- of veredelingsproeven hebben voortgeplant.
Controleer uw cookie-instellingen
BiometrisPRI.jpg
Omdat de meeste organismen DNA van hun twee ouders erven, is het DNA van ieder organisme uniek. Als je verdere generaties teruggaat, hebben individuen een willekeurige mix aan DNA-bouwstenen die van hun voorouders afkomstig zijn.
Reconstructie van haplotype
Wageningen UR heeft de tool `RABBIT' ontwikkeld om binnen populaties ontstaan uit kruisingen van twee of meerdere ouders (geen associatiepanels) vast te stellen van welke voorouders interessante delen in het DNA afkomstig zijn. In wetenschappelijke termen voert de tool een 'haplotype
reconstruction' uit, oftewel de tool linkt genomen van individuen aan die van hun voorouders.
Uniek model
Het door Wageningen UR ontwikkelde model is uniek. Het kan worden gebruikt voor zowel plant- als dierpopulaties (diploid), ongeacht of deze individuen ontstaan zijn via zelf- of kruisbestuiving. In de meest recente wetenschappelijke publicatie over het model hebben de wetenschappers RABBIT
vergeleken met andere modellen, zoals HAPPY en GAIN. Deze vergelijking laat zien dat de RABBIT-reconstructies nauwkeuriger zijn en beter omgaan met genotyperingsfouten en verschillende populatietypes.
De RABBIT-tool kan data van verschillende soorten nakomelingspopulaties met meerdere (voor)ouders verwerken De RABBIT-tool kan data van verschillende soorten nakomelingspopulaties met meerdere (voor)ouders verwerken
Hidden Markov-model
Om RABBIT te ontwikkelen hebben de wetenschappers gebruikgemaakt van een 'hidden Markov-model'. Dit model reconstrueert niet waarneembare voorouderlijke bouwstenen vanuit DNA-merkergegevens van de planten of dieren in de nakomelingspopulaties.
Financiering
Dit onderzoek wordt grotendeels financieel ondersteund door Stichting Technische Wetenschappen (STW) (subsidienr. STW-Rijk Zwaan project 12425), die onderdeel uitmaakt van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek. Het wordt ook gefinancierd door het ministerie van Economische
Zaken.
C (Chaozhi) Zheng
Contactpersoon C (Chaozhi) Zheng
Contactformulier + Meer (1)
* dr. FA (Fred) van Eeuwijk
Contactpersoon dr. FA (Fred) van Eeuwijk
Contactformulier
Wageningen UR
Wageningen UR (University & Research centre) contributes significantly to the quality of life
* [IMG] Organische stof is meer waard dan je denkt
* [IMG] Bill Gates mede dankzij hoofddocent Wageningen University bij College Tour
* [IMG] Effecten van co-creatie in de praktijk
Meer nieuws
Meer informatie
Geinteresseerd in dit model? Download het gratis via RABBIT GitHub. Je kan het model alleen downloaden als je Mathematica hebt. Meer informatie is ook te vinden in de volgende wetenschappelijke publicaties:
* Zheng, C., Boer, M. P. en Eeuwijk, F. A. 2015. Reconstruction of genome ancestry blocks in multiparental populations. Genetics.
* Zheng, C. 2015. Modeling X-linked ancestral origins in multiparental populations. G3: Genes | Genomes | Genetics. 5: 777-801.
* Zheng, C., Boer, M. P. en Eeuwijk, F. A. 2014. A general modeling framework for genome ancestral origins in multi-parental populations. Genetics. 198: 87-101.