Nieuwe methode maakt grotere studies naar ontstaan kanker mogelijk


12 januari 2015

Hergebruik grote hoeveelheden biologische data maakt `Big data'-analyse van DNA-mutaties mogelijk.

Kanker ontstaat door mutaties in het DNA. Maar om die mutaties op te kunnen sporen is het nodig om het DNA te onderzoeken van heel veel kankerpatienten. Onderzoekers van het Universitair Medisch Centrum Groningen (UMCG) hebben een nieuwe methode ontwikkeld om dit te kunnen doen. Zij hebben
daarmee de gegevens kunnen analyseren van ruim 16.000 kankerpatienten. Daarmee is dit nu wereldwijd een van de grootste oncologische studie ooit. Zij publiceren hierover vandaag in het gezaghebbende tijdschrift Nature Genetics.

De nieuwe methode is ontwikkeld door een onderzoeksteam onder leiding van geneticus prof. dr. Lude Franke: "Het systematisch analyseren van het DNA van 16.000 tumoren is erg duur. Echter, in de afgelopen vijftien jaar is wel heel veel naar gen-expressie gekeken en deze metingen zijn openbaar
beschikbaar. Wij hebben een nieuwe statistische methode ontwikkeld waardoor we die gegevens konden hergebruiken. Van ruim 16.000 tumoren hebben we zodoende kunnen bepalen welke veranderingen in het DNA voorkomen. We zagen dat bepaalde afwijkingen in het DNA erg vaak voorkomen, terwijl andere
afwijkingen alleen bij specifieke tumoren, zoals borstkanker, voorkomen. "

Medisch-oncoloog dr. Rudolf Fehrmann geeft aan dat deze methode het mogelijk maakt om door een nieuwe bril te kijken naar gen-expressieprofielen van de afgelopen vijftien jaar. "Het heeft ons nu in staat gesteld om bijvoorbeeld voor een moeilijk te behandelen groep van kankers (namelijk die
met vele fouten in het DNA) nieuwe potentiele therapeutisch aangrijpingspunten te vinden. Deze worden op dit moment verder onderzocht met experimenten in het laboratorium."

Om deze methode te ontwikkelen onderzochten de onderzoekers 80.000 expressieprofielen. Zo'n grootschalige `big data' aanpak was tot voor kort onmogelijk, maar met de komst van betere computers en nieuwe wiskundige technieken kan op deze wijze zeer efficient onderzoek worden gedaan. Grote
hoeveelheden gegevens, ooit verzameld voor een compleet ander doel, komen nu van pas om beter inzicht te krijgen in het ontstaan van kanker. Dit maakt nieuwe studies op dit gebied mogelijk en dat bespaart een hoop geld.

Gerelateerde informatie

* Link naar de publicatie in Nature genetics