Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek
Belang van verschillende celtypes onderschat
16 oktober 2009
Celtype blijkt van grote invloed in genetische studies
Het kiezen van het juiste celtype blijkt in genetische studies van
groot belang. Dat blijkt uit een onderzoek dat vandaag gepubliceerd
wordt in PLoS Genetics. NWO-onderzoeker Alice Gerrits laat zien hoe
variaties in het DNA effect kunnen hebben op de activiteit van genen.
Dit effect blijkt sterk afhankelijk te zijn van het celtype waarin die
genen actief zijn.
Door variaties in het DNA van 25 verschillende soorten muizen te
vergelijken met variaties in genactiviteit, kon Gerrits zien welke
stukjes DNA een effect hadden op de activiteit van genen. In alle 25
soorten muizen onderzocht zij vier verschillende typen bloedcellen:
stamcellen, rode en witte bloedcellen en cellen die nog geen keuze
hadden gemaakt tussen rood of wit. Zij onderzocht eerst welke genen in
elk van die vier soorten cellen actief waren. Vervolgens ontdekte zij
dat sommige stukjes DNA in alle vier de celtypen hetzelfde effect
hadden op de activiteit van bepaalde genen. Maar opmerkelijk was dat
een veel groter aantal stukjes vooral in één, twee of drie van de vier
celtypen een effect hadden op genactiviteit.
Van sommige variaties in het DNA is bekend dat ze een rol spelen bij
het ontstaan van ziekten, zoals leukemie. Het onderzoek van Gerrits
laat nu zien dat variaties in het DNA niet altijd hetzelfde effect
hebben op de activiteit van genen, maar dat dit effect sterk
afhankelijk is van het celtype waarin dat gen actief is. Dit betekent
dat in toekomstige genetische studies zoveel mogelijk verschillende
celtypen bekeken moeten worden. Alleen op die manier kan goed
onderzocht worden hoe variaties in het DNA kunnen leiden tot
veranderingen in genactiviteit, of uiteindelijk zelfs tot het ontstaan
van ziekten.
Puzzelen met DNA
De 25 verschillende soorten muizen zijn in het verleden gemaakt door
twee duidelijk verschillende muizenstammen met elkaar te kruisen. De
twee stammen verschilden bijvoorbeeld in vachtkleur, gemiddelde
levensduur en het aantal bloedvormende stamcellen in hun beenmerg.
Door ze met elkaar te kruisen werden 25 verschillende soorten muizen
verkregen die allemaal een unieke mix van het DNA van muis A en B
hadden. Met moleculaire markers, kleine merktekens, kon aangegeven
worden welk stukje DNA van muis A en welk stukje van muis B afkomstig
was.
Gerrits heeft haar onderzoek uitgevoerd samen met Yang Li en Bruno
Tesson. Het onderzoek werd grotendeels gefinancierd met de
Vici-subsidies van Gerald de Haan en Ritsert Jansen. Zij ontvingen
beiden een Vici uit de Vernieuwingsimpuls van NWO.