VU medisch centrum
Amerikaanse caBIG maakt einde aan 'eilandjesrijk'
23 september 2009
Voor translationeel onderzoek verzamelen onderzoekers gegevens die zij
allemaal op hun eigen manier opslaan. Vrijwel elke promovendus maakt
zijn eigen database. Soms is het niet meer dan een Excel file, soms is
het iets geavanceerder. Maar alle systemen hebben één ding gemeen, de
gegevens zijn niet uitwisselbaar. Bovendien gaan ze na afloop van het
onderzoek vaak verloren. Patholoog Gerrit Meijer vond in de Verenigde
Staten een oplossing voor dit probleem.
"Bij het translationeel onderzoek heb je vier typen databanken, een
met de klinische gegevens, een biobank, waarin gegevens over weefsels
en bijvoorbeeld bloed zijn opgeslagen, een databank voor de scans en
ander beeldmateriaal en als vierde de database met de
onderzoeksresultaten. Het is een eilandenrijk", stelt Gerrit Meijer.
"Wat we nodig hebben is een systeem waarin alle data kunnen worden
opgeslagen en uitgewisseld met andere onderzoekers", vult Janneke van
Denderen, projectmanager DeCoDe, aan. "Je moet het zien als een soort
GPS voor de research."
Gratis
Zeker nu VUmc penvoerder is van twee grote onderzoeksprojecten van het
Center for Translational Molecular Medicine (CTMM) op het gebied van
darmkanker en longkanker, werd dat als een urgent probleem ervaren.
Meijer ging op zoek, maar kon bij onderzoekinstituten noch commerciële
softwarebedrijven iets vinden dat aansloot bij de behoefte. Tot hij
contact kreeg met het National Cancer Institute in Bethesda in
Maryland, VS. De automatiseringsafdeling van dat instituut heeft
speciaal voor translationeel medisch onderzoek het softwaresysteem
caBIG (cancer Biomedical Information Grid) ontwikkeld.
"Het klinkt eigenlijk als te mooi om waar te zijn, want het is een
zogenaamd 'open source' systeem. Iedereen die dat wil, mag dit systeem
gratis gebruiken. De Amerikaanse overheid subsidieert de ontwikkeling
met een bedrag van 20 miljoen dollar per jaar", aldus Meijer. Zijn
enthousiasme wordt gedeeld door de Amerikaanse collega's. "We zijn de
eerste onderzoeksinstelling op het Europese vasteland waar caBIG
gebruikt gaat worden."
Van twee kanten
Op maandag 14 september kwamen zes onderzoekers van het NCI naar
Amsterdam om het caBIG systeem toe te lichten. "We gaan caBIG
natuurlijk niet alleen voor de twee CTMM-projecten inzetten, en ook
niet alleen voor kankeronderzoek. Dat laatste was vooral ook voor onze
Amerikaanse gasten interessant, omdat dit in de Verenigde Staten nog
niet veel gebeurt binnen één organisatie. Daarom waren er
vertegenwoordigers van de andere onderzoekinstituten. Iedereen was erg
enthousiast. De dag daarna hebben we samen met het CTMM een
bijeenkomst in de ArenA georganiseerd waar ruim honderd mensen op af
zijn gekomen. Niet alleen alle UMC's waren vertegenwoordigd, maar ook
andere onderzoekinstituten zoals het NKI en bedrijven zoals Philips",
vertelt Van Denderen
Het wordt tweerichtingsverkeer met de Amerikanen, is het plan van
Meijer. "Het mooie van caBIG is dat je alle bestaande databanken met
'verloopstukjes' aan het systeem kan koppelen. Die programma's willen
we samen met het NCI maken en zo ónze expertise delen met de
Amerikaanse collega's."
Monique Krinkels
bron: Tracer