Een computerstudie van E. coli chemotaxis
* Startdatum08-09-2008
* Tijd13.45
* LocatieAuditorium
* TitelA Computational Study of E. coli Chemotaxis
* PlaatsAuditorium
* SprekerS.B. van Albada
* Promotorprof.dr. P.R. ten Wolde
* OnderdeelFaculteit der Exacte Wetenschappen
* WetenschapsgebiedMedisch
* EvenementtypePromotie
Een van de best onderzochte eiwitnetwerken is het zogenaamde
chemotaxisnetwerk van Escherichia coli, dat de koers van de bacterie
bepaalt. Het chemotaxisnetwerk bestaat uit drie delen: een `neus' die
de concentratie van voedseldeeltjes meet, gemiddeld vijf motoren die
de bacterie voortstuwen, en een signaaltranductienetwerk dat
informatie doorgeeft van de `neus' naar de motoren. Wanneer de `neus'
een toenemende voedselconcentratie meet blijven de motoren in de
zwemtoestand; wanneer de voedselconcentratie afneemt kiest de bacterie
een nieuwe zwemrichting. Het centrale eiwit in het chemotaxisnetwerk
fungeert als een schakelaar, die wordt aan- en uitgezet door twee,
elkaar tegenwerkende, enzymen.
Recente experimenten laten zien dat deze elkaar tegenwerkende enzymen
beide aan de `neus' van de cel binden. Siebe van Albada bestudeert in
zijn proefschrift `A Computational Study of E. coli Chemotaxis' de
gevolgen van deze enzymcolokalisatie. De positie van de eiwitten in de
cel blijkt een drastisch effect te hebben op de werking van het
netwerk. Om bovengenoemde experimenten te kunnen verklaren stelt Van
Albada een model voor waarin een van de enzymen zowel in gebonden als
in vrije vorm in de bacterie voorkomt. Het voorgestelde mechanisme kan
leiden tot een grote signaalversterking. Tenslotte presenteert Van
Albada een model dat in detail het schakelgedrag van de motoren
reproduceert.
Vrije Universiteit Amsterdam