Bioinformatics for mass spectrometry: novel statistical algorithms
Datum: 15 februari 2008
Nieuwe krachtige bio-statistische methoden voor massaspectrometrie
Ziekten zoals kanker, reuma en diabetes beïnvloeden de fysiologie van
sommige menselijke cellen. Hierdoor veranderen de concentraties van
karakteristieke biomoleculen in lichaamsvloeistoffen, zoals bloed of
urine. Moleculen die verschillen tussen een ziek en gezond organisme
heten biomarkers. Door de concentraties van deze biomarkers te meten
is vroegtijdig vast te stellen of iemand ziek is en of een (nieuw)
geneesmiddel het gewenste effect heeft. Het onderzoek naar biomarkers
is sterk in ontwikkeling.
Een techniek om de biomarkers op te sporen is massaspectrometrie. Met
deze techniek kan de moleculaire samenstelling van monsters afkomstig
van mens, plant en dier bepaald worden. De resultaten worden
weergegeven in grafiekvorm in een massaspectrum. De meest informatieve
massaspectrometriemetingen, bijvoorbeeld die van bloed, leveren daarin
echter zeer complexe piekenpatronen, die nauwelijks met hedendaagse
methoden geanalyseerd kunnen worden.
In zijn proefschrift geeft Martijn Dijkstra een overzicht van de
oorzaken die aan deze complexiteit ten grondslag liggen. Op grond
hiervan ontwikkelde hij nieuwe statistische modellen en methoden die
met optimale statistische kracht de meest ingewikkelde piekenpatronen
kunnen analyseren. Dit geeft een optimaal beeld van de samenstelling
van geanalyseerde monsters, en geeft een zeer grote kans op het vinden
van biomarkers, als die daadwerkelijk aanwezig zijn. Aan de andere
kant wordt de kans op het vinden van valse/onechte biomarkers
verkleind. Daarnaast ontwikkelde Dijkstra nieuwe methoden om
massaspectrometrietijdreeksmetingen te analyseren. Deze kunnen
gebruikt worden bij het voorspellen van bijvoorbeeld de voortgang in
het herstel van patiënten na een chirurgische ingreep. Een groot deel
van zijn werk is gepubliceerd in gerenommeerde wetenschappelijke
tijdschriften.
Martijn Dijkstra (Leeuwarden, 1980) studeerde Informatica in
Groningen. Het promotieonderzoek werd uitgevoerd bij het Groningen
Bioinformatics Centre en gefinancierd door SenterNovem. /JS
Datum en tijd: 15 februari 2008, 14.45 uur
Promovendus: M. Dijkstra
Proefschrift: Bioinformatics for mass spectrometry: novel statistical
algorithms
Promotor(es): prof.dr. R.C. Jansen
Faculteit: wiskunde en natuurwetenschappen
Plaats: Aula Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Informatie: M. Dijkstra, tel. 050-363 8091/7976, e-mail:
m.dijkstra@rug.nl
Rijksuniversiteit Groningen