Wageningen Universiteit en
Researchcentrum investeert in nieuwe generatie DNA-sequencers
RSS
22 nov 2007
Onderdeel: Plant Research International
Nummer: 2007-9
Wageningen Universiteit en Researchcentrum (Wageningen UR) gaat
investeren in zogenoemde âtweede generatieâ apparatuur voor
DNA-sequencing, het aflezen van de bouwsteen-volgorde (basen) van het
erfelijk materiaal. De aanschaf van de door het bedrijf 454 Life
Sciences⢠ontwikkelde Roche Genome Sequencer FLX (GS FLX) geeft
Wageningen UR de mogelijkheid, om op een nog veel grotere schaal dan
nu al het geval is, de hele DNA-samenstelling af te lezen van planten,
dieren en micro-organismen. Daarmee versterkt Wageningen UR zijn
internationaal vooraanstaande positie in het DNA-onderzoek. Naast
Wageningen UR dragen het Potato Genome Sequencing Consortium en het
Centre for Biosystems Genomics financieel bij aan deze aanschaf.
De GS FLX zal geplaatst worden bij de business unit Bioscience van
Plant Research International, sinds de negentiger jaren één van de
top-laboratoria voor het sequencen van DNA. Het instituut behoorde tot
het wereldwijde onderzoeknetwerk dat het eerste volledige DNA (het
genoom) van een plant in kaart bracht en publiceerde. Sindsdien is
Plant Research International betrokken bij een groot aantal
onderzoekpogrammaâs waarin het volledige DNA, of specifieke delen
daarvan, onderzocht wordt bij belangrijke planten, schimmels,
bacteriën en virussen.
Met de âtweede generatieâ DNA-sequencers is het niet meer nodig om het
DNA vóór de analyse in bacteriën te vermeerderen. Daarnaast kunnen
veel grotere hoeveelheden verschillende DNA-fragmenten tegelijkertijd
geanalyseerd worden. Wageningen UR verwacht met de nieuwe apparatuur
tot 500 keer sneller DNA te kunnen aflezen dan nu het geval is, en
werkt samen met de producent van de apparatuur aan verdere
optimalisatie van de analyseprotocollen.
Met deze revolutionaire ontwikkeling in DNA-sequencing technologie
kunnen nieuwe onderzoeksvragen beantwoord worden, vooral met
betrekking tot de relatie tussen DNA basenvolgorde en de uiteindelijke
eigenschappen van een organisme. Onder andere kunnen nu grootschalige
vergelijkende onderzoeken gedaan worden naar welke genen wanneer
actief zijn (expressie analyse), naar kleine verschillen in DNA
volgorde tussen individuen (zogenaamde SNPâs) of naar het voorkomen en
de invloed van een recent ontdekte groep van regulerende sequenties
(micro RNAâs). Ook wordt het haalbaar om het volledige DNA van
planten- en dierenrassen en veredelingslijnen volledig met elkaar te
vergelijken. Met de kennis die hier uit voortkomt, kan er in de
plantenveredelings- en fokkerij-sectoren, maar ook in de witte
biotechnologie of in het ecologisch onderzoek, gerichter en sneller
worden gewerkt.
De GS FLX zal naar verwachting in december in gebruik genomen gaan
worden, onder andere voor het (internationale) onderzoek naar de
genomen van aardappel en tomaat, zoals die worden uitgevoerd binnen
het Potato Genome Sequencing Consortium en het Centre for Biosystems
Genomics.
Â
Â
Â
LEI