( BW)(CA-APPLIED-BIOSYSTEMS)(ABI) Applied Biosystems betreedt nieuw
tijdperk van onderzoek naar biowetenschappen met lancering van
platform voor DNA-sequentiebepaling van de volgende generatie
American Society of Human Genetics Annual Meeting 2007
MULTIMEDIA AVAILABLE:
http://www.businesswire.com/cgi-bin/mmg.cgi?eid=5526654
SAN DIEGO, Calif.--(BUSINESS WIRE)--24 oktober 2007--
SOLiD(TM)-systeem zal waarschijnlijk nieuwe normen opstellen voor
genetische analyse
Applied Biosystems (NYSE:ABI), een afdeling van Applera
Corporation, betrad vandaag een nieuw tijdperk in onderzoek naar
biowetenschappen door de aankondiging van de wereldwijde commerciële
beschikbaarheid van het SOLiD(TM)-systeem, het langverwachte platform
voor DNA-sequentiebepaling van de volgende generatie van het bedrijf.
Het SOLiD-systeem maakt al nieuwe manieren mogelijk om toepassingen
van genetische analyse uit te voeren, die nieuwe normen zouden kunnen
opstellen over hoe wetenschappers complexe uitdagingen kunnen aangaan
die verband houden met het inzicht in de biologische basis voor
gezondheid en ziekte. Het bedrijf maakte het bericht vandaag bekend op
de 57ste jaarvergadering van de American Society of Human Genetics.
Dit nieuwe tijdperk van onderzoek naar biowetenschappen vereist
technologieën die wetenschappers kunnen helpen om op kostenefficiënte
wijze te identificeren hoe genetische variatie en patronen van
genexpressie bijdragen tot ziekte en na te gaan hoe individuele
genotypes een impact hebben op de manier waarop mensen reageren op
verschillende behandelingen. Het SOLiD-systeem onderscheidt zich door
een ongeëvenaarde doorvoer, schaalbaarheid, nauwkeurigheid en
toepassingsflexibiliteit die nieuwe verwachtingen voor ontdekking
scheppen bij onderzoekers die streven naar de uitvoering van een brede
waaier aan toepassingen.
Het bedrijf begon in juni dit jaar met een programma voor
vervroegde toegang tot het SOLiD-systeem. Sedertdien heeft het
platform de doorvoer verviervoudigd en de afleeslengten doen toenemen
met 40%. Het huidige systeem kan tot 4 miljard basissen van
sequentiegegevens per keer leveren, waardoor het het platform voor
sequentiebepaling van de volgende generatie met de hoogste doorvoer is
dat vandaag beschikbaar is. Nauwkeurigheid van gegevens, nog een
cruciale prestatiefactor, blijft op het hoogste nauwkeurigheidsniveau
van de systemen van de volgende generatie. Een hogere doorvoer en een
hogere nauwkeurigheid van gegevens leiden tot lagere kosten voor
projecten voor sequentiebepaling. Als onderdeel van het programma voor
vervroegde toegang werkte Applied Biosystems nauw samen met klanten en
medewerkers om de waaier aan toepassingen die nu door het systeem
worden ondersteund, uit te breiden.
"In het nieuwe tijdperk van biowetenschappen van de volgende
generatie moeten technologieën voor sequentiebepaling met hogere
doorvoer en met toepassingsflexibiliteit onderzoekers in staat stellen
één enkel systeem te gebruiken om zinvolle verbanden te leggen tussen
variaties in de soorten en de hoeveelheden van DNA-sequenties en
ziekten," zei Shaf Yousaf, voorzitter van de afdeling moleculaire en
celbiologiesystemen van Applied Biosystems. "Nieuwe aanpakken van het
bestuderen van genetische variatie zullen vermoedelijk een diepgaande
invloed hebben op programma's voor farmaceutische ontwikkeling,
aangezien onderzoekers bestuderen hoe individuele genotypes verband
houden met de manier waarop mensen reageren op behandelingen voor een
ziekte."
Zowat alle ziekten bij de mens zijn terug te voeren tot de
genetica. Momenteel baseren onderzoekers die complexe ziekten
bestuderen, zoals kanker, diabetes of hartziekten, zich op
referentievormen van menselijke DNA-sequenties die het resultaat zijn
van DNA-sequentiebepaling op grote schaal om genetische variaties op
algemene wijze te linken met deze ziekten. Wetenschappers maken ook
gebruik van een hele reeks methoden om de activiteit of het
expressieniveau van specifieke genen in verband te brengen met de
kenmerken van een ziekte. Hoewel onderzoekers in de biowetenschappen
genetische variatie en differentiële genexpressie hebben bestudeerd
met een brede waaier aan technologieën, verwacht men dat het gebruik
van het SOLiD-systeem de identificatie, verzameling en analyse van
genetische informatie zal vereenvoudigen.
Toonaangevende onderzoeksinstellingen wereldwijd, waaronder het
Hubrecht Institute in Nederland, de Universiteit van Columbia, de
Universiteit van Queensland in Australië en de Universiteit van Tokio,
maken al bij veel toepassingen gebruik van het SOLiD-systeem.
Voorbeelden hiervan zijn de detectie van zeldzame varianten,
epigenetische profilering, transcriptoomanalyse en seriële analyse van
genexpressie (SAGE).
Detectie van zeldzame varianten in het Hubrecht Institute
Onderzoekers aan het Hubrecht Institute in Nederland onderzoeken
de genfunctie bij dierlijke modellen, zoals C. elegans (nematodeworm),
zebravissen en ratten, om zo de werking van gelijkaardige genen bij de
mens beter te begrijpen.
Om zeldzame en weinig voorkomende mutaties te ontdekken,
manipuleren wetenschappers de genen van deze modelsystemen door hun
DNA chemisch te wijzigen, waardoor de functie van de gewijzigde genen
wordt verstoord of uitgeschakeld. Het team observeert vervolgens hoe
het uitzicht of het gedrag van het systeem wijzigt wanneer bepaalde
genen niet werken. Nadat er willekeurige mutaties werden aangebracht,
gebruiken de onderzoekers het SOLiD-systeem om de sequentie te bepalen
van DNA-monsters van duizenden verschillende dieren, waarin de
genoomregio waarin zij geïnteresseerd zijn tot 10.000 keer voorkomt.
Hiermee kunnen ze de specifieke mutaties die in deze genomen werden
ingevoerd identificeren. De onderzoekers brengen deze gemuteerde
sequenties vervolgens in verband met de vastgestelde wijzigingen aan
de systemen. Dit proces helpt hen de werking van de genen bij deze
dierlijke modellen te begrijpen.
"Onze behoefte om weinig voorkomende mutaties te detecteren
vereist een technologie voor sequentiebepaling met ultrahoge doorvoer
en een extreem laag foutenpercentage," zei Dr. Edwin Cuppen, Ph.D.,
groepsleider functionele genomica en bioinformatica van het Hubrecht
Institute. "Het invoermechanisme met 2 basissen van het SOLiD-systeem,
dat een onderscheid maakt tussen willekeurige of systematische fouten
en echte mutaties, helpt ons om het ontdekkingspercentage van echte
mutaties te doen vergroten."
Epigenetische profilering aan de Universiteit van Columbia
Aan de Universiteit van Columbia gebruiken Dr. John Edwards,
assistent-onderzoekswetenschapper van het genoomcentrum van de
universiteit, en Dr. Timothy Bestor, professor in het departement
genetica en ontwikkeling, het SOLiD-systeem om methyleringspatronen
van het hele genoom bij borstkanker te vergelijken. Methylering is een
van nature voorkomende chemische wijziging aan het DNA. In hun
onderzoek gaan de wetenschappers na hoe deze patronen veranderen in de
progressie van normaal weefsel naar tumorweefsel, hoe ze verschillen
tussen tumoren en welke rollen abnormale patronen van methylering
kunnen spelen bij carcinogenese - het ontstaan van kanker.
Methylering van specifieke regio's van DNA-sequentie in het genoom
zou de expressie van genen die kanker onderdrukken inactief maken,
terwijl demethylering van repetitieve elementen kan leiden tot
genomische instabiliteit en wijzigingen in genexpressie. De
onderzoekers zijn van mening dat gemethyleerde DNA-regio's zouden
kunnen dienen als markers voor genen die een rol spelen bij kanker.
Dankzij het SOLiD-systeem kunnen de onderzoekers van de
Universiteit van Columbia de methyleringsstatus van repetitieve
elementen in het genoom typeren en kan de groep zijn onderzoeken
uitbreiden om methyleringspatronen te onderzoeken die zouden kunnen
worden behandeld als biomarkers voor kanker.
"De doorvoer van het SOLiD-systeem is enorm en zal snel het punt
bereiken waarop we de routineuze opstelling van het
methyleringsprofiel van vele monsters kunnen plannen," zei Dr.
Edwards. "De schaalbaarheid van het SOLiD-systeem stelt ons in staat
om in alle vertrouwen plannen te maken om onze onderzoeken uit te
breiden en nieuwe toepassingen en analysemethoden te ontwikkelen voor
epigenetische profilering die ons zullen helpen om beter te begrijpen
welke rol methyleringspatronen spelen bij carcinogenese."
Transcriptoomanalyse aan de Universiteit van Queensland
Aan de Universiteit van Queensland in Australië bestuderen
onderzoekers het transcriptoom om een beter inzicht te krijgen in
belangrijke cellulaire processen zoals celdifferentiatie, nierschade
en de herstelling ervan, en het ontstaan en de ontwikkeling van
tumoren. Het transcriptoom is het geheel van alle transcripten van
boodschapper-RNA (mRNA) die werden opgesteld op basis van genen en
genomische regelregio's van één cel of een hele populatie van cellen.
Deze onderzoekers gebruiken het SOLiD-systeem voor
transcriptoomanalyse om de hoeveelheden relevante variante
mRNA-transcripten te meten die tot uitdrukking komen bij dierlijke
modellen. Het SOLiD-systeem stelt hen in staat zowel mRNA-transcripten
met zeldzame expressie als zeldzame varianten van gekende transcripten
te detecteren.
"Gezien de onovertroffen hoge doorvoer en de hoge nauwkeurigheid
van sequentiegegevens die door het SOLiD-systeem worden gegenereerd,
is er een mogelijkheid om de sequentie van het transcriptoom in zijn
geheel te bepalen aan de hand van korte afleeslengten," zei Dr. Sean
Grimmond, Ph.D., groepsleider van de groep genomica en berekeningen
van het Institute of Molecular Bioscience. "Door inzicht te krijgen in
het transcriptoom in een biologische context, zullen we defecten in
moleculaire wegen kunnen ontdekken die leiden tot complexe ziekten."
Seriële analyse van genexpressie aan de Universiteit van Tokio
Onderzoekers aan de Universiteit van Tokio bestuderen
promotorregio's van het genoom _ de schakelaars die genen in- en
uitschakelen _ om beter te begrijpen hoe patronen van genexpressie
bijdragen tot ziekten, regeling en celdifferentiatie. Deze
wetenschappers gebruiken het SOLiD-systeem om transcriptiestartsites
(TSS) in kaart te brengen, want om promotorregio's efficiënt te kunnen
analyseren, moet men de locatie van TSS bepalen.
Het team bewerkte een genexpressietechniek, gekend als SAGE, zodat
hij kon worden gebruikt met het systeem om TSS te profileren bij het
onderzoek naar darmkanker. SAGE is een genexpressietechniek die meer
dan tien jaar geleden werd ontwikkeld om snel verschillen tussen
kankercellen en normale cellen te kunnen identificeren op basis van
verschillen in patronen van genexpressie tussen beide celtypes.
Vervolgens pasten ze deze techniek aan zodat hij kon worden gebruikt
met het SOLiD-systeem en noemden ze "5'-end-SOLiD-methode", vanwege
het belang van het 5'-uiteinde van het doelgen, de plaats waar
beginsites van mRNA-transcriptie gelokaliseerd zijn. Met deze techniek
kunnen de wetenschappers genexpressiegegevens vastleggen die
identificeren waar TSS gelokaliseerd zijn in verschillende genomen.
Door TSS-regio's in de cellijnen van darmkanker te profileren,
begrijpen ze beter hoe epigenetische geneesmiddelen een invloed hebben
op patronen van genexpressie in deze cellijnen.
"Voordat we het SOLiD-systeem gebruikten in onze
genexpressie-onderzoeken van cellijnen van darmkanker, was het
moeilijk genen te vinden die een duidelijke toename of afname in
expressieniveaus vertoonden," zei Dr. Shinichi Hashimoto, Ph.D.,
assistent-professor bij het departement moleculaire preventieve
geneeskunde aan de Universiteit van Tokio. "Door gebruik te maken van
de 5'-end SOLiD-techniek, konden we met succes wijzigingen in
expressieniveaus van genen identificeren, zelfs voor genen waarvan de
expressie normaal gezien op zeer laag niveau gebeurt."
SOLiD-systeem stelt norm voor sequentiebepaling van de volgende
generatie
Het SOLiD-systeem is een eind-tot-eindoplossing voor genetische
analyse van de volgende generatie die bestaat uit de
sequentiebepalingseenheid, chemie, een informaticacluster en
gegevensopslag. Het platform is gebaseerd op sequentiebepaling door
oligonucleotideligatie en -detectie. In tegenstelling tot de
benadering met sequentiebepaling van polymerase, gebruikt het
SOLiD-systeem een eigen technologie, stepwise litigation (of
stapsgewijze litigatie) genaamd, die hoogkwalitatieve gegevens
genereert waaronder volledige sequentiebepaling van genomen,
chromatine-immuunprecipitatie (ChIP), microbiële sequentiebepaling,
digitale karyotypering, medische sequentiebepaling, genotypering,
genexpressie en kleine RNA-ontdekking.
Er zijn verschillende kenmerken die het SOLiD-systeem
onderscheiden van andere platformen voor sequentiebepaling van de
volgende generatie, zoals ongeëvenaarde doorvoer, schaalbaarheid,
nauwkeurigheid en toepassingsflexibiliteit. Het systeem kan op maat
worden gemaakt om een hogere densiteit van sequentie per slide te
ondersteunen via verrijking door beads. Beads maken integraal deel uit
van de open-slide format architectuur van het SOLiD-systeem, waardoor
het systeem meer dan 4 gigabasissen sequentiegegevens per keer in de
ontwikkelingslaboratoria van Applied Biosystems kan overschrijden. De
combinatie van het open-slide formaat, verrijking met beads en
software-algoritmen zorgt voor een infrastructuur die kan worden
ingesteld voor een nog grotere doorvoer, zonder aanzienlijke
wijzigingen aan de huidige hardware of software van het platform.
Het SOLiD-systeem heeft een nauwkeurigheid van de ruwe basis van
meer dan 99.94% na invoer met 2 basissen, een mechanisme dat een
onderscheid maakt tussen willekeurige of systematische fouten en echte
single-nucleotidepolymorfismen (SNPs). Dit zorgt voor een 5 keer
hogere nauwkeurigheid dan gelijk welke gegevens die tot nu toe
gepubliceerd zijn over alternatieve platformen voor sequentiebepaling
van de volgende generatie.
De hoge nauwkeurigheid van het platform, in combinatie met de
analyse van overeenkomstige paren, maakt het mogelijk
sequentievariatie te detecteren, met inbegrip van SNP's, schommelingen
in het aantal genkopieën, duplicaties met één basis, inversies,
toevoegingen en weglatingen. De voorbereiding van monsters met
overeenkomstige paren is een methode die het mogelijk maakt een
sequentieverzameling met zeer hoge nauwkeurigheid samen te stellen,
wat nodig is voor de analyse van complexe genomen zoals dat van de
mens, de muis en andere modelsystemen.
"Het SOLiD-systeem zet de traditie van Applied Biosystems inzake
commercialisering van innovatieve technologieën voor
DNA-sequentiebepaling voort," zei Kim Caple, vicevoorzitter en General
Manager van de afdeling sequentiebepaling van de volgende generatie
van Applied Biosystems. "We kozen het technologieplatform voor het
SOLiD-systeem omdat we ervan overtuigd waren dat dit het beste
platform zou blijken voor DNA-sequentiebepaling van de volgende
generatie. Op basis van de feedback die we hebben gekregen van klanten
en medewerkers van een aantal van 's werelds belangrijkste
instellingen, hebben we er alle vertrouwen in dat we een systeem
hebben ontwikkeld dat wetenschappers zal helpen meer betekenisvolle
verbanden te leggen tussen genetische variatie en medische
aandoeningen."
Applied Biosystems is een wereldwijde leider in de ontwikkeling en
commercialisering van instrumentgebaseerde systemen,
verbruiksproducten, software en diensten voor de sector van de
biowetenschappen. Het bedrijf is de marktleider inzake platformen voor
DNA-sequentiebepaling. Naast het SOLiD-systeem voor
DNA-sequentiebepaling van de volgende generatie biedt het bedrijf een
volledig gamma systemen en scheikundige producten op basis van
capillaire elektroforese. Vandaag zijn er meer dan 14.000 genetische
analysetoestellen van Applied Biosystems in gebruik; zij hebben
bijgedragen tot de sequentiebepaling van meer dan 450 voltooide
genomen en naar schatting 700 andere worden momenteel uitgevoerd.
Capillaire elektroforese is een beproefde methode voor sequentie- en
fragmentanalyse voor een reeks toepassingen. Het SOLiD-systeem breidt
de grenzen van sequentiebepaling uit om nieuwe toepassingen mogelijk
te maken, zoals re-sequentiebepaling op grote schaal,
hypotheseneutrale expressie, methylering en ChIP-experimenten. Voor
een aantal toepassingen zullen beide platformen worden gebruikt op
verschillende momenten in het experimentele proces.
Deze technologieën worden allemaal ondersteund door een van de
grootste dienstverlenings- en ondersteuningsorganisaties in de sector
van de biowetenschappen, bestaande uit meer dan 2.000 toegewijde
mensen wereldwijd, gespecialiseerd in zakelijk advies en
protocolontwikkeling, instrumentoptimalisering en integratie van
gegevenstoepassing. Meer informatie over het SOLiD-systeem is te
vinden op http://solid.appliedbiosystems.com.
Over Applera Corporation en Applied Biosystems
Applera Corporation bestaat uit twee groepen. De groep Applied
Biosystems bedient de sector van de biowetenschappen en de
onderzoeksgemeenschap door de ontwikkeling en commercialisering van
instrumentgebaseerde systemen, verbruiksproducten, software en
diensten. Zijn klanten gebruiken deze producten om nucleïnezuren (DNA
en RNA), kleine moleculen en proteïnen te analyseren om
wetenschappelijke ontdekkingen te doen en nieuwe farmaceutische
producten te ontwikkelen. De producten van Applied Biosystems zijn
bestemd voor een aantal markten buiten het onderzoek naar
biowetenschappen, die we "toegepaste markten" noemen. Hiertoe behoren
menselijke identiteitstesten (gerechtelijke geneeskunde en
vaderschapstesten); bioveiligheid, wat verwijst naar producten die een
antwoord bieden op de dreiging van biologisch terrorisme en andere
kwaadwillige, toevallige en natuurlijke biologische gevaren; en
kwaliteits- en veiligheidstesten, zoals testen die vereist zijn bij de
productie van voedingsmiddelen en farmaceutische producten. De
hoofdzetel van Applied Biosystems is gevestigd in Foster City,
Californië. Het bedrijf rapporteerde een verkoop van ongeveer 2,1
miljard USD in boekjaar 2007.
De Celera Groep is in de eerste plaats een moleculair
diagnosebedrijf dat gebruikmaakt van gepatenteerde genoom- en
proteoomontdekkingsplatformen om vernieuwende diagnosemarkers te
identificeren en te valideren, en ontwikkelt diagnoseproducten die
gebaseerd zijn op deze markers en op andere gekende markers. Celera
werkt strategisch samen met Abbott voor de ontwikkeling en de
commercialisering van moleculaire diagnoseproducten of
diagnoseproducten op basis van nucleïnezuren, en het ontwikkelt ook
buiten deze samenwerking nieuwe diagnoseproducten. Via zijn
onderzoeksinspanningen op het gebied van genomica en proteomica
ontdekt en valideert Celera ook therapeutische doelen en gaat het op
zoek naar strategische partnerschappen om therapeutische producten te
ontwikkelen die gebaseerd zijn op deze ontdekte doelen. Informatie
over Applera Corporation, met rapporten en andere informatie die het
bedrijf heeft ingediend bij de Securities and Exchange Commission, is
te vinden op http://www.applera.com, of telefonisch op het nummer
800.762.6923. Meer informatie over Applied Biosystems is te vinden op
http://www.appliedbiosystems.com.
Toekomstgerichte verklaringen van Applied Biosystems
Bepaalde verklaringen in dit persbericht zijn uitspraken over de
toekomst. Deze kunnen worden geïdentificeerd door het gebruik van
termen die wijzen op toekomstige gebeurtenissen, zoals "zou",
"gepland" en "verwacht". Deze uitspraken over de toekomst zijn
gebaseerd op de huidige verwachtingen van Applera Corporation. De Wet
Hervorming Burgerlijke Vorderingen Effectenverkeer (Private Securities
Litigation Reform Act) van 1995 voorziet in een "veilige haven" voor
dergelijke uitspraken over de toekomst. Om te beantwoorden aan de
bepalingen van de veilige haven, merkt Applera Corporation op dat een
reeks factoren ervoor kunnen zorgen dat de werkelijke resultaten en
ervaringen aanzienlijk anders zijn dan de voorspelde resultaten of
andere verwachtingen die werden uitgedrukt in dergelijke uitspraken
over de toekomst. Die factoren omvatten, maar zijn niet beperkt tot:
(1) snel veranderende technologie en afhankelijkheid van de
ontwikkeling en de aanvaarding van nieuwe producten door klanten; (2)
het risico op onverwachte moeilijkheden die verband houden met de
verdere ontwikkeling van het SOLiD(TM)-systeem; (3) verkoop
afhankelijk van de kapitaaluitgaven van klanten en door de overheid
gesponsord onderzoek; (4)
de producten van Applied Biosystems zijn gebaseerd op complexe,
snel ontwikkelende technologieën, wat heeft geleid tot een aantal
lopende rechtszaken tegen Applied Biosystems en wat een voortdurend
risico vormt op processen, arbitrage, onderzoeken en andere
rechtsvorderingen met privépartijen en regeringsinstanties, in het
bijzonder aanspraken voor inbreuk op intellectuele-eigendomsrechten;
en (5) andere factoren die af en toe beschreven kunnen staan in de
documenten die Applera Corporation indient bij de Securities and
Exchange Commission. Alle informatie in dit persbericht wordt gegeven
op de datum van uitgave, en Applera heeft geen enkele verplichting om
deze informatie bij te werking, met inbegrip van de uitspraken over de
toekomst, tenzij dit wettelijk vereist is.
Uitsluitend voor gebruik bij onderzoek. Niet voor gebruik bij
diagnoseprocedures.
© Copyright 2007. Applied Biosystems. Alle rechten voorbehouden.
Applera, Applied Biosystems en AB (Design) zijn gedeponeerde
handelsmerken en SOLiD is een handelsmerk van Applera Corporation of
zijn dochtermaatschappijen in de V.S. en/of bepaalde andere landen.
Deze bekendmaking is officieel geldend in de originele brontaal.
Vertalingen zijn slechts als leeshulp bedoeld en moeten worden
vergeleken met de tekst in de brontaal welke als enige juridische
geldigheid beoogt.
MULTIMEDIA AVAILABLE:
http://www.businesswire.com/cgi-bin/mmg.cgi?eid=5526654
--30--AP/lo*
CONTACT: Applied Biosystems
Redactionele contactpersoon voor meer
informatie of opvolging:
Tony Hardware, +44 (0) 1494 816062
Communications and Media Relations Manager - Europa
Fax: +44 (0) 1494 815410
of
kdm communications limited
Sarah Khan, +44 (0) 1234 210555
Fax: +44 (0) 1234 342397
ideas@kdm-communications.com
Disclaimer: Deze bekendmaking is officieel geldend in de originele
brontaal. Vertalingen zijn slechts als leeshulp bedoeld en moeten
worden vergeleken met de tekst in de brontaal welke als enige,
juridische geldigheid beoogt.